به منظور بررسی وضعیت آلودگی بذور پنبه به قارچ فوزاریوم، نمونه هایی ازطبقات مختلف 10 رقم پنبه از استانهای خراسان جنوبی، رضوی، گلستان و فارس تهیه شد. قسمتهای مختلف بذر که شامل بذرکامل، پوسته، مغز (آندوسپرم + جنین)، آندوسپرم و جنین بود، در محیطهای غذایی سیب زمینی دکستروزآگار وآب آگار کشت گردید. از تعداد 23 نمونه بذر پنبه، 76 جدایه فوزاریوم بدست آمد. آلودگی بذور کرکدار و دلینته به قارچ فوزاریوم به ترتیب 7/98 و 3/1 درصد بود. از بین بذور مورد بررسی در این تحقیق، رقم ورامین با 35 جدایه دارای بیشترین درصد آلودگی بود. بیشترین درصد جداسازی قارچ فوزاریوم مربوط به مغز بود. شنـاسایی بر اسـاس صفات ریخت شناسی نشان داد جدایـههای مذکـور به تـرتیب با فـراوانی 39، 23، 10، 2، 1 و 1 جـدایه متعلق به گونه های Fusarium equiseti، F. proliferatum، F. semitectum، F. compactum، F. nygamai و F. solani مـیبـاشنـد. گـونـههـای F. compactum وF. nygamai برای اولین بار در ایران از بذور پنبه گزارش میشوند. بکارگیری واکنش زنجیرهای پلیمراز و استفاده از آغـازگرهای اختصاصی گونـه های غالب F. equiseti و F. proliferatum، با استفاده از DNA گونه قارچی مربوطه و همچنین DNA بذوری که به طور طبیعی به این گونه-ها آلوده بودند، منجر به تولید نوارهای DNA اختصاصی شد. به این ترتیب نتایج شناسایی این دو گونه بر اساس صفات ریخت شناسی، با روش مولکولی نیز مورد تأیید قرار گرفت. این مطالعه نشان داد، ردیابی فوزاریومهای مذکور در بذور آلوده با استفاده از واکنش PCR امکان پذیر است.